青海互助南门峡国家湿地公园以南门峡水库和南门峡河为主体，与水系周边林地和起伏的群山相连，以雪山、沼泽、河流、湖泊、森林等自然生态景观为主要特色。规划区内湿地类型包括河流湿地、人工湿地和沼泽湿地。其中河流湿地786.76平方公顷，沼泽湿地87.68平方公顷，人工湿地118.50平方公顷。规划区内有森林植被、灌丛草甸植被和干旱草原植被等3种类型的植物48科170种。有鸟类125种、鱼类2目3科9种、两栖动物1目2科3种、爬行动物1目2科2种、哺乳动物4目10科23种。其中，有国家一级保护动物黑鹳、胡秃鹫。国家二级保护动物林麝、岩羊、蓝马鸡等8种。